Конъюгация алкин-модифицированных олигонуклеотидов с азидами красителей
Каталитический буфер для клик-химии предназначен для постсинтетической конъюгации олигонуклеотидов, содержащих алкиновую группу. Олигонуклеотиды с терминальным алкином могут быть синтезированы с использованием модифицирующего амидита, или вы можете заказать синтез модифицированных олигонуклеотидов у нас на сайте.
Реакция конъюгации происходит между азидом и терминальной группой алкина модифицированного олигонуклеотида и приводит к образованию пятичленного гетероцикла. Поскольку обе группы (азида и алкина) практически не встречаются в природных биомолекулах, реакция является высокоспецифичной и эффективной для решения широкого спектра задач.
Реакция протекает в присутствии меди (I) и при нейтральных значениях pH. Каталитический буфер содержит медь (II), ацетат триэтиламмония pH 7 и DMSO. Для восстановления меди (II) рекомендуется использовать свежеприготовленный раствор аскорбиновой кислоты.
Для проведения реакции вам понадобятся: модифицированный алкином олигонуклеотид, азид красителя, каталитический буфер и аскорбиновая кислота. Все реагенты вы можете заказать у нас на сайте.
Протокол
Мы рекомендуем следующий протокол для реакции конъюгации алкин-содержащих олигонуклеотидов с азидами красителей:
- Определите общий объем реакции исходя из используемого количества олигонуклеотида:
Количество олигонуклеотида Общий объём реакции, мкл от 4 до 20 нмоль 100 от 20 до 40 нмоль 200 от 40 до 80 нмоль 400 от 80 до 600 нмоль 600 - Рассчитайте объемы реагентов для реакции мечения, используя следующую таблицу:
Реагент Объем, мкл Концентрация стокового раствора Азид красителя (количество олигонуклеотида [нмоль]) × 0.15 10 мМ в ДМСО Каталитический буфер для клик-химии (общий объем реакции [мкл]) × 0.67 1.5х Активатор
(аскорбиновая кислота)(общий объем реакции [мкл]) × 0.02 50 мМ в воде Вода (для растворения олигонуклеотида) (общий объем реакции [мкл] — объем раствора азида красителя [мкл] — объём каталитического буфера [мкл] — объём раствора активатора [мкл]) — - Приготовьте стоковый раствор азида красителя (10 мМ в ДМСО) и активатора (аскорбиновой кислоты, 50 мМ в воде). Обратите внимание, аскорбиновая кислота легко окисляется на воздухе. Используйте только свежеприготовленный раствор активатора (раствор стабилен в течение суток). Для приготовления стокового раствора растворите 10 мг аскорбиновой кислоты в 1.1 мл воды.
- Растворите олигонуклеотид в рассчитанном объеме воды в 2 мл пластиковой пробирке.
- Добавьте каталитический буфер для клик-химии и размешайте на вортексе.
- Добавьте рассчитанный объем стокового раствора азида красителя и еще раз хорошо размешайте на вортексе.
- (рекомендуется). Дегазируйте смесь для удаления кислорода. Для этого присоедините одноразовый наконечник от автоматической пипетки к пластиковой или силиконовой трубке, подсоединенной к редуктору баллона с инертным газом (аргоном, азотом, гелием). Включите очень слабый поток газа и опустите наконечник в пробирку так, чтобы он находился на 3–10 мм выше уровня жидкости и не касался жидкости и стенок пробирки. Поток газа должен быть таким, чтобы образовывать воронку в жидкости, но не вызывать ее разбрызгивания. Удерживайте наконечник в таком положении в течение 10–20 сек. Если параллельно происходит постановка нескольких реакций мечения, для дегазирования можно использовать прибор типа SpeedVac. Для этого установите пробирки в прибор, включите вращение, затем на 30–40 сек включите вакуум и сбросьте его, подавая на вход прибора инертный газ.
- Добавьте раствор активатора (аскорбиновой кислоты), затем в течение нескольких секунд продуйте пробирку инертным газом и закройтее ее.
- Размешайте раствор на вортексе. Если в процессе реакции заметно образование осадка, нагрейте пробирку в горячей (70–95 ºC) воде до растворения осадка и размешайте раствор на вортексе.
- Выдержите смесь при комнатной температуре в течение 8–16 часов.
- Добавьте 2 M раствор перхлората лития (из расчета один объем на 5 объемов реакционной смеси), размешайте раствор на вортексе и добавьте ацетон квалификации «ос. ч.» до 2 мл.
- Взболтайте пробирку и выдержите 20 мин при −20 °C.
- Отделите осадок центрифугированием 10000 об/мин, 10 мин. Удалите супернатант.
- Добавьте к осадку 1 мл ацетона. Встряхните пробирку несколько раз и отделите осадок центрифугированием 10000 об/мин, 10 мин. Удалите супернатант.
- Высушите осадок при комнатной температуре в открытой пробирке в течение 1 часа или поместите пробирку в термостат при 65 °C на 10 мин.
- Растворите осадок в воде и очистите целевой продукт с помощью ВЭЖХ.
Похожие товары
Cu(II)-TВTA каталитический буфер, 1.5х
Готовый каталитический буфер для клик-химии, содержащий медь(II) и TBTA лиганд. Буфер подходит для модификации нуклеиновых кислот и малых молекул.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 61150 | 55 mL | $49 | в наличии |
Cyanine3.5 азид
Азидопроизводное красителя Cyanine3.5, аналога Cy3.5, для мечения с помощью клик-реакций.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 12030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | – | в наличии | |
| 32030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $199 | в наличии | |
| 42030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$495
|
в наличии | |
| A2030 | 1 mg | – | в наличии | |
| B2030 | 5 mg | $199 | в наличии | |
| C2030 | 10 mg | $297 | в наличии | |
| D2030 | 25 mg |
$495
|
в наличии | |
| E2030 | 50 mg |
$895
|
в наличии | |
| F2030 | 100 mg |
$1490
|
в наличии |
Cyanine3B азид
Азидопроизводное флуоресцентного красителя Cyanine3B для конъюгации с помощью клик-реакций.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 19330 | 1 mg | $140 | в наличии | |
| 29330 | 5 mg | $340 | в наличии | |
| 49330 | 25 mg |
$990
|
в наличии | |
| 59330 | 50 mg |
$1690
|
в наличии | |
| 69330 | 100 mg |
$3100
|
в наличии |
Cyanine3 азид
Азидопроизводное флуоресцентного красителя Cyanine3, аналога Cy3, для конъюгации с помощью клик-реакций.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 11030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | – | в наличии | |
| 31030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $199 | в наличии | |
| 41030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$495
|
в наличии | |
| A1030 | 1 mg | – | в наличии | |
| B1030 | 5 mg | $199 | в наличии | |
| C1030 | 10 mg | $297 | в наличии | |
| D1030 | 25 mg |
$495
|
в наличии | |
| E1030 | 50 mg |
$895
|
в наличии | |
| F1030 | 100 mg |
$1490
|
в наличии |
Cyanine5.5 азид
Азидопроизводное красителя Cyanine5.5, флуоресцирующего в дальнекрасной области. Реагент для мечения с помощью клик-реакций.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 14030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | – | в наличии | |
| 34030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $199 | в наличии | |
| 44030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$495
|
в наличии | |
| A4030 | 1 mg | – | в наличии | |
| B4030 | 5 mg | $199 | в наличии | |
| C4030 | 10 mg | $297 | в наличии | |
| D4030 | 25 mg |
$495
|
в наличии | |
| E4030 | 50 mg |
$895
|
в наличии | |
| F4030 | 100 mg |
$1490
|
в наличии |
Cyanine5 азид
Азидопроизводное Cyanine5 - дальнекрасного флуорофора, совместимого со многими приборами для детекции флуоресценции.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 13030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | – | в наличии | |
| 33030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $199 | в наличии | |
| 43030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$495
|
в наличии | |
| A3030 | 1 mg | – | в наличии | |
| B3030 | 5 mg | $199 | в наличии | |
| C3030 | 10 mg | $297 | в наличии | |
| D3030 | 25 mg |
$495
|
в наличии | |
| E3030 | 50 mg |
$895
|
в наличии | |
| F3030 | 100 mg |
$1490
|
в наличии |
Cyanine7.5 азид
Азидопроизводное инфракрасного флуорофора Cyanine7.5, подходящее для неинвазивного ИК-имиджинга. Азид можно использовать для конъюгации с алкинами с помощью клик-реакции.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 16030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | – | в наличии | |
| 36030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $199 | в наличии | |
| 46030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$495
|
в наличии | |
| A6030 | 1 mg | – | в наличии | |
| B6030 | 5 mg | $199 | в наличии | |
| C6030 | 10 mg | $297 | в наличии | |
| D6030 | 25 mg |
$495
|
в наличии | |
| E6030 | 50 mg |
$895
|
в наличии | |
| F6030 | 100 mg |
$1490
|
в наличии |
Cyanine7 азид
Азидопроизводное флуорофора Cyanine7, имеющего эмиссию в ближней инфракрасной области.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 15030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | – | в наличии | |
| 35030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $199 | в наличии | |
| 45030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$495
|
в наличии | |
| A5030 | 1 mg | – | в наличии | |
| B5030 | 5 mg | $199 | 5 д | |
| C5030 | 10 mg | $297 | в наличии | |
| D5030 | 25 mg |
$495
|
в наличии | |
| E5030 | 50 mg |
$895
|
в наличии |
FAM азид, 5-изомер
Азидопроизводное красителя FAM для присоединения к алкинилированным молекулам с помощью клик реакции.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 14130 | 100 uL, 10 mM/DMSO | $69 | в наличии | |
| 34130 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $97 | в наличии | |
| 44130 | 1 mL, 10 mM/DMSO | $139 | в наличии | |
| A4130 | 1 mg | $69 | в наличии | |
| B4130 | 5 mg | $97 | в наличии | |
| C4130 | 10 mg | $139 | в наличии | |
| D4130 | 25 mg | $285 | в наличии | |
| E4130 | 50 mg |
$445
|
в наличии | |
| F4130 | 100 mg |
$765
|
в наличии |
FAM азид, 6-изомер
Наиболее популярный флуорофор - флуоресцеин (FAM) в виде азида для клик-химии, чистый 6-изомер.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 15130 | 100 uL, 10 mM/DMSO | $69 | в наличии | |
| 35130 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $97 | в наличии | |
| 45130 | 1 mL, 10 mM/DMSO | $139 | в наличии | |
| A5130 | 1 mg | $69 | в наличии | |
| B5130 | 5 mg | $97 | в наличии | |
| C5130 | 10 mg | $139 | в наличии | |
| D5130 | 25 mg | $285 | в наличии | |
| E5130 | 50 mg |
$445
|
в наличии | |
| F5130 | 100 mg |
$765
|
в наличии |
HEX азид, 6-изомер
Азид красителя HEX с эмиссией в желто-зеленой области спектра. Используется для конъюгации с олигонуклеотидами посредством реакции [3+2]-диполярного циклоприсоединения.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| AB230 | 1 mg | $110 | в наличии | |
| BB230 | 5 mg | $165 | в наличии | |
| CB230 | 10 mg | $210 | в наличии | |
| DB230 | 25 mg | $285 | в наличии | |
| EB230 | 50 mg |
$495
|
в наличии | |
| FB230 | 100 mg |
$880
|
в наличии |
JOE азид, 5-изомер
JOE - хлорированный краситель флуоресцеинового ряда, часто используемый для мечения олигонуклеотидов. Он заменяет другой хлорированный флуоресцеин, краситель HEX. JOE менее гидрофобен, чем HEX. Это производное - азид для клик-химии.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| A1130 | 1 mg | $110 | в наличии | |
| B1130 | 5 mg | $210 | в наличии | |
| C1130 | 10 mg | $310 | в наличии | |
| D1130 | 25 mg |
$410
|
в наличии | |
| E1130 | 50 mg |
$695
|
в наличии | |
| F1130 | 100 mg |
$1190
|
в наличии |
Введено некорректное число товаров для добавления.
Корзина пуста
$ 
