Конъюгация алкин-модифицированных олигонуклеотидов с азидами красителей

Каталитический буфер для клик-химии предназначен для постсинтетической конъюгации олигонуклеотидов, содержащих алкиновую группу. Олигонуклеотиды с терминальным алкином могут быть синтезированы с использованием модифицирующего амидита, или вы можете заказать синтез модифицированных олигонуклеотидов у нас на сайте.

Реакция конъюгации происходит между азидом и терминальной группой алкина модифицированного олигонуклеотида и приводит к образованию пятичленного гетероцикла. Поскольку обе группы (азида и алкина) практически не встречаются в природных биомолекулах, реакция является высокоспецифичной и эффективной для решения широкого спектра задач.

Scheme of copper catalyzed Click chemistry alkyne azide cycloaddition

Реакция протекает в присутствии меди (I) и при нейтральных значениях pH. Каталитический буфер содержит медь (II), ацетат триэтиламмония pH 7 и DMSO. Для восстановления меди (II) рекомендуется использовать свежеприготовленный раствор аскорбиновой кислоты.

Для проведения реакции вам понадобятся: модифицированный алкином олигонуклеотид, азид красителя, каталитический буфер и аскорбиновая кислота. Все реагенты вы можете заказать у нас на сайте.

Протокол

Мы рекомендуем следующий протокол для реакции конъюгации алкин-содержащих олигонуклеотидов с азидами красителей:

  1. Определите общий объем реакции исходя из используемого количества олигонуклеотида:
    Количество олигонуклеотида Общий объём реакции, мкл
    от 4 до 20 нмоль 100
    от 20 до 40 нмоль 200
    от 40 до 80 нмоль 400
    от 80 до 600 нмоль 600
  2. Рассчитайте объемы реагентов для реакции мечения, используя следующую таблицу:
    Реагент Объем, мкл Концентрация стокового раствора
    Азид красителя (количество олигонуклеотида [нмоль]) × 0.15 10 мМ в ДМСО
    Каталитический буфер для клик-химии (общий объем реакции [мкл]) × 0.67 1.5х
    Активатор
    (аскорбиновая кислота)    		 (общий объем реакции [мкл]) × 0.02 50 мМ в воде
    Вода (для растворения олигонуклеотида) (общий объем реакции [мкл] — объем раствора азида красителя [мкл] — объём каталитического буфера [мкл] — объём раствора активатора [мкл]) —
  3. Приготовьте стоковый раствор азида красителя (10 мМ в ДМСО) и активатора (аскорбиновой кислоты, 50 мМ в воде).
    Обратите внимание, аскорбиновая кислота легко окисляется на воздухе. Используйте только свежеприготовленный раствор активатора (раствор стабилен в течение суток). Для приготовления стокового раствора растворите 10 мг аскорбиновой кислоты в 1.1 мл воды.
  4. Растворите олигонуклеотид в рассчитанном объеме воды в 2 мл пластиковой пробирке.
  5. Добавьте каталитический буфер для клик-химии и размешайте на вортексе.
  6. Добавьте рассчитанный объем стокового раствора азида красителя и еще раз хорошо размешайте на вортексе.
  7. (рекомендуется). Дегазируйте смесь для удаления кислорода. Для этого присоедините одноразовый наконечник от автоматической пипетки к пластиковой или силиконовой трубке, подсоединенной к редуктору баллона с инертным газом (аргоном, азотом, гелием). Включите очень слабый поток газа и опустите наконечник в пробирку так, чтобы он находился на 3–10 мм выше уровня жидкости и не касался жидкости и стенок пробирки. Поток газа должен быть таким, чтобы образовывать воронку в жидкости, но не вызывать ее разбрызгивания. Удерживайте наконечник в таком положении в течение 10–20 сек.
    Если параллельно происходит постановка нескольких реакций мечения, для дегазирования можно использовать прибор типа SpeedVac. Для этого установите пробирки в прибор, включите вращение, затем на 30–40 сек включите вакуум и сбросьте его, подавая на вход прибора инертный газ.
  8. Добавьте раствор активатора (аскорбиновой кислоты), затем в течение нескольких секунд продуйте пробирку инертным газом и закройтее ее.
  9. Размешайте раствор на вортексе. Если в процессе реакции заметно образование осадка, нагрейте пробирку в горячей (70–95 ºC) воде до растворения осадка и размешайте раствор на вортексе.
  10. Выдержите смесь при комнатной температуре в течение 8–16 часов.
  11. Добавьте 2 M раствор перхлората лития (из расчета один объем на 5 объемов реакционной смеси), размешайте раствор на вортексе и добавьте ацетон квалификации «ос. ч.» до 2 мл.
  12. Взболтайте пробирку и выдержите 20 мин при −20 °C.
  13. Отделите осадок центрифугированием 10000 об/мин, 10 мин. Удалите супернатант.
  14. Добавьте к осадку 1 мл ацетона. Встряхните пробирку несколько раз и отделите осадок центрифугированием 10000 об/мин, 10 мин. Удалите супернатант.
  15. Высушите осадок при комнатной температуре в открытой пробирке в течение 1 часа или поместите пробирку в термостат при 65 °C на 10 мин.
  16. Растворите осадок в воде и очистите целевой продукт с помощью ВЭЖХ.

Похожие товары

Cu(II)-TВTA каталитический буфер, 1.5х

Готовый каталитический буфер для клик-химии, содержащий медь(II) и TBTA лиганд. Буфер подходит для модификации нуклеиновых кислот и малых молекул.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
61150 55 mL
$49
 в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine3.5 азид

Азидопроизводное красителя Cyanine3.5, аналога Cy3.5, для мечения с помощью клик-реакций.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
12030 100 uL, 10 mM/DMSO
– 
в наличии
32030 500 uL, 10 mM/DMSO
$249
 в наличии
42030 1 mL, 10 mM/DMSO
$339
 в наличии
A2030 1 mg
– 
в наличии
B2030 5 mg
$289
 5 д
C2030 10 mg
$419
 в наличии
D2030 25 mg
$709
 в наличии
E2030 50 mg
$1150
 в наличии
F2030 100 mg
$2099
 в наличии
Запросить образец
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine3B азид

Азидопроизводное флуоресцентного красителя Cyanine3B для конъюгации с помощью клик-реакций.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
19330 1 mg
$179
 в наличии
29330 5 mg
$289
 в наличии
49330 25 mg
$709
 в наличии
59330 50 mg
$1199
 в наличии
69330 100 mg
$2199
 в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine3 азид

Азидопроизводное флуоресцентного красителя Cyanine3, аналога Cy3, для конъюгации с помощью клик-реакций.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
11030 100 uL, 10 mM/DMSO
– 
в наличии
31030 500 uL, 10 mM/DMSO
$239
 в наличии
41030 1 mL, 10 mM/DMSO
$339
 в наличии
A1030 1 mg
– 
в наличии
B1030 5 mg
$299
 в наличии
C1030 10 mg
$439
 в наличии
D1030 25 mg
$659
 в наличии
E1030 50 mg
$999
 в наличии
F1030 100 mg
$1699
 в наличии
Запросить образец
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine5.5 азид

Азидопроизводное красителя Cyanine5.5, флуоресцирующего в дальнекрасной области. Реагент для мечения с помощью клик-реакций.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
14030 100 uL, 10 mM/DMSO
– 
в наличии
34030 500 uL, 10 mM/DMSO
$279
 в наличии
44030 1 mL, 10 mM/DMSO
$369
 в наличии
A4030 1 mg
– 
в наличии
B4030 5 mg
$319
 в наличии
C4030 10 mg
$429
 в наличии
D4030 25 mg
$739
 в наличии
E4030 50 mg
$1299
 в наличии
F4030 100 mg
$2099
 в наличии
Запросить образец
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine5 азид

Азидопроизводное Cyanine5 - дальнекрасного флуорофора, совместимого со многими приборами для детекции флуоресценции.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
13030 100 uL, 10 mM/DMSO
– 
в наличии
33030 500 uL, 10 mM/DMSO
$199
 в наличии
43030 1 mL, 10 mM/DMSO
$495
 в наличии
A3030 1 mg
– 
в наличии
B3030 5 mg
$199
 в наличии
C3030 10 mg
$297
 в наличии
D3030 25 mg
$495
 в наличии
E3030 50 mg
$895
 в наличии
F3030 100 mg
$1490
 в наличии
Запросить образец
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine7.5 азид

Азидопроизводное инфракрасного флуорофора Cyanine7.5, подходящее для неинвазивного ИК-имиджинга. Азид можно использовать для конъюгации с алкинами с помощью клик-реакции.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
16030 100 uL, 10 mM/DMSO
– 
в наличии
36030 500 uL, 10 mM/DMSO
$259
 в наличии
46030 1 mL, 10 mM/DMSO
$349
 в наличии
A6030 1 mg
– 
в наличии
B6030 5 mg
$299
 в наличии
C6030 10 mg
$389
 в наличии
D6030 25 mg
$609
 в наличии
E6030 50 mg
$999
 в наличии
F6030 100 mg
$1699
 в наличии
Запросить образец
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

Cyanine7 азид

Азидопроизводное флуорофора Cyanine7, имеющего эмиссию в ближней инфракрасной области.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
15030 100 uL, 10 mM/DMSO
– 
в наличии
35030 500 uL, 10 mM/DMSO
$459
 в наличии
45030 1 mL, 10 mM/DMSO
$439
 в наличии
A5030 1 mg
– 
в наличии
B5030 5 mg
$449
 в наличии
C5030 10 mg
$439
 в наличии
D5030 25 mg
$579
 в наличии
E5030 50 mg
$849
 в наличии
Запросить образец
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

FAM азид, 5-изомер

Азидопроизводное красителя FAM для присоединения к алкинилированным молекулам с помощью клик реакции.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
14130 100 uL, 10 mM/DMSO
$105
 в наличии
34130 500 uL, 10 mM/DMSO
$209
 в наличии
44130 1 mL, 10 mM/DMSO
$279
 в наличии
A4130 1 mg
$105
 в наличии
B4130 5 mg
$299
 5 д
C4130 10 mg
$439
 в наличии
D4130 25 mg
$869
 в наличии
E4130 50 mg
$1599
 в наличии
F4130 100 mg
$3099
 в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

FAM азид, 6-изомер

Наиболее популярный флуорофор - флуоресцеин (FAM) в виде азида для клик-химии, чистый 6-изомер.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
15130 100 uL, 10 mM/DMSO
$99
 в наличии
35130 500 uL, 10 mM/DMSO
$115
 в наличии
45130 1 mL, 10 mM/DMSO
$149
 в наличии
A5130 1 mg
$105
 в наличии
B5130 5 mg
$149
 в наличии
C5130 10 mg
$209
 в наличии
D5130 25 mg
$409
 в наличии
E5130 50 mg
$649
 в наличии
F5130 100 mg
$1099
 в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

HEX азид, 6-изомер

Азид красителя HEX с эмиссией в желто-зеленой области спектра. Используется для конъюгации с олигонуклеотидами посредством реакции [3+2]-диполярного циклоприсоединения.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
AB230 1 mg
$110
 в наличии
BB230 5 mg
$165
 в наличии
CB230 10 mg
$210
 в наличии
DB230 25 mg
$285
 в наличии
EB230 50 mg
$495
 в наличии
FB230 100 mg
$880
 в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!

JOE азид, 5-изомер

JOE - хлорированный краситель флуоресцеинового ряда, часто используемый для мечения олигонуклеотидов. Он заменяет другой хлорированный флуоресцеин, краситель HEX. JOE менее гидрофобен, чем HEX. Это производное - азид для клик-химии.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
A1130 1 mg
$110
 в наличии
B1130 5 mg
$210
 в наличии
C1130 10 mg
$310
 в наличии
D1130 25 mg
$410
 в наличии
E1130 50 mg
$695
 в наличии
F1130 100 mg
$1190
 в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!
Товар добавлен. Просмотрите корзину покупок или оформите заказ
Введено некорректное число товаров для добавления.