Окрашивание фиксированных клеток красителем TOR-G4

G-квадруплексы (G4s) представляют собой вторичные структуры, образующиеся в ДНК и РНК за счет неканонических водородных связей между четырьмя гуаниновыми основаниями [1,2]. В ядре ДНК G4s связаны с эпигенетической регуляцией экспрессии генов посредством их взаимодействия с регуляторными белками, такими как транскрипционные факторы и модификаторы хроматина [3,4]. РНК G4s связаны со сплайсингом, транспортом и регуляцией трансляции РНК, а также с РНК-опосредованными стрессовыми реакциями в цитоплазме клетки [5-7].

TOR-G4 — производное тиазолового оранжевого, недавно синтезированный флуоресцентный индикатор G4s [8]. TOR-G4 является низкомолекулярной альтернативой иммунохимии со специфичными к G4 антителами. TOR-G4 позволяет визуализировать G4s на основе изменений продолжительности флуоресценции индикатора при связывании им нуклеиновой кислоты. Продолжительность флуоресценции TOR-G4 самая высокая в присутствии G4s и значительно ниже с другими последовательностями. Внутри клеток TOR-G4 преимущественно колокализуется с РНК в цитоплазме и ядрышках, что делает его первым прижизненным зондом, валидированным для изучения роли РНК G4s в функционировании клеток. TOR-G4 подходит для визуализации РНК G4s с помощью FLIM [8].

Протокол

Важно! TOR-G4 обладает высокой цитотоксичностью с концентрацией GI50 143 нМ, и предназначен для окрашивания только фиксированных клеток.

  1. Культивируйте клетки подходящим для визуализации способом.
  2. Перед фиксацией промойте клетки трижды холодным PBS.
  3. Фиксируйте клетки 4% параформальдегидом в течение 10 мин при 4°C.
  4. Перед окрашиванием промойте клетки трижды холодным PBS.
  5. Инкубируйте фиксированные клетки с TOR-G4 (5 мкМ в PBS) в течение 2 ч. Точная концентрация и время инкубации зависят от типа клеток.
  6. Клетки можно снимать под конфокальным микроскопом (возбуждение — 467 нм, детекция — 540 нм) без предварительной отмывки красителя. Для измерения специфических изменений времени жизни флуоресценции, связанных со связыванием G4 используйте метод FLIM (возбуждение — 483 нм, детекция — 650 нм при связывании с G4).

[1] Trends in Chemistry 2, 123 (2020); [2] Nat Rev Mol Cell Biol 21, 459 (2020); [3] Nucleic Acids Res 49, 8419 (2021); [4] Trends Genet 35, 29 (2019); [5] Nucleic Acids Res 48, 12534 (2020); [6] Trends Biochem Sci 46, 270 (2021); [7] Nucleic Acids Res 49, 5426 (2021); [8] J Am Chem Soc 146, 1009 (2024).

Похожие товары

TOR-G4, флуоресцентный индикатор G-квадруплексов

TOR-G4 представляет собой флуоресцентный индикатор, позволяющий чувствительно выявлять G-квадруплексы РНК на основе изменений продолжительности флуоресценции зонда при связывании им нуклеиновой кислоты.
Показать цены
Артикул Фасовка Цена Срок поставки
A5510 50 uL, 5 mM/DMSO
$149
 в наличии
15510 500 uL, 5 mM/DMSO
$390
 в наличии
4357-1g 1 g
по запросу
в наличии
Оптовый заказ
Нашли более выгодное предложение? Сообщите нам и мы предложим выгодные варианты!
Товар добавлен. Просмотрите корзину покупок или оформите заказ
Введено некорректное число товаров для добавления.