Протокол: Мечение олигонуклеотидов и ДНК методом клик-химии
Клик-химия — это совокупность разнообразных реакций, которые могут быть использованы для синтеза различных конъюгатов. Практически любую биомолекулу можно легко пометить путем конъюгации с небольшими молекулами, такими как флуоресцентные красители, биотин и др., методом клик-химии. Реакция клик-химии происходит между двумя компонентами: азидом и алкином (терминальным ацетиленом). Поскольку азидная и алкиновая группы практически не встречаются в природных биомолекулах, реакции между ними отличаются высокой биоортогональностью и специфичностью. При необходимости пометить олигонуклеотид, можно заказать его алкин-модифицированную форму.
Протокол
Для мечения алкин-модифицированных олигонуклеотидов с помощью азидов призводства компании Lumiprobe, мы рекомендуем использовать следующий протокол. Вспомогательные реагенты можно также заказать в компании Lumiprobe.
- Рассчитайте объемы реагентов, необходимых для мечения методом клик-химии, согласно таблице, приведенной ниже. Подготовьте необходимые исходные растворы (см. Приложение).
Реагент Конечная концентрация в смеси Концентрация исходного раствора Олигонуклеотид, алкин-модифицированный Варьирует (20–200 мкM) Варьирует Азид В 1,5 раза больше конечной концентрации олигонуклеотида 10 мМ в ДМСО ДМСО 50 об. % — Аскорбиновая кислота 0,5 мМ 5 мМ в воде Медь(II)-TBTA 0,5 мМ 10 мМ в 55 об. % ДМСО - Растворите алкин-модифицированный олигонуклеотид или ДНК в воде в герметичной пробирке.
- Добавьте 2 М триэтиламмоний-ацетатный буфер (рН 7,0) до конечной концентрации 0,2 М.
- Добавьте ДМСО и перемешайте на вортексе.
- Добавьте исходный раствор азида (10 мМ в ДМСО) и перемешайте на вортексе.
- Добавьте к смеси требуемый объем 5 мМ исходного раствора аскорбиновой кислоты и кратко перемешайте на вортексе.
- Дегазируйте раствор барботированием инертного газа в течение 30 с. Можно использовать азот, аргон или гелий.
- Добавьте к смеси необходимое количество 10 мМ исходного раствора меди(II)-ТБТА в 55 об. % ДМСО. Продуйте пробирку инертным газом и закройте крышку.
- Тщательно перемешайте смесь на вортексе. Если наблюдается значительное выпадение в осадок азида, нагрейте пробирку в течение 3 мин при 80 °C и перемешайте смесь на вортексе.
- Оставить на ночь при комнатной температуре.
- Осадите конъюгат ацетоном (для олигонуклеотидов) или этанолом (для ДНК). Добавьте как минимум 4-кратный объем ацетона к смеси (если объем смеси большой, разделите ее на несколько пробирок). Тщательно перемешайте и выдержите в течение 20 мин при −20 °C.
- Центрифугируйте при 10000 об/мин в течение 10 мин.
- Удалите супернатант.
- Промойте осадок ацетоном (1 мл), центрифугируйте при 10000 об/мин в течение 10 мин.
- Удалите супернатант, высушите осадок и очистите конъюгат с помощью ОФ ВЭЖХ или ПААГ.
Приложение. Приготовление исходных растворов реагентов для мечения методом клик-химии.
5 мМ исходный раствор аскорбиновой кислоты
| Приготовление | Растворите 18 мг аскорбиновой кислоты в 20 мл дистиллированной воды. |
| Хранение | Аскорбиновая кислота легко окисляется на воздухе. Раствор стабилен в течение суток. Для клик-химии используйте свежий раствор. |
10 мМ исходный раствор меди(II)-TБTA в 55 об. % ДМСО
| Приготовление | Растворите 50 мг сульфата меди(II) пятиводного в 10 мл дистиллированной воды. Растворите 116 мг ТБТА (лиганда) в 11 мл ДМСО. Смешайте два раствора. |
| Хранение | Храните при комнатной температуре. Раствор стабилен в течение нескольких лет. |
2 М триэтиламмоний-ацетатный буфер (рН 7,0)
| Приготовление | Смешайте 2,78 мл триэтиламина с 1,14 мл уксусной кислоты. Добавьте воду до общего объема 10 мл, доведите pH до 7,0. |
| Хранение | Хранить при комнатной температуре. Раствор стабилен в течение нескольких лет. |
Related products
BDP 558/568 азид
BDP 558/568 - бордипиррометеновый флуорофор со спектрами поглощения и эмиссии, примерно соответствующими каналу Cyanine3. Это азидопроизводное для клик-реакций.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 17430 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| 27430 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| 37430 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| 47430 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| 57430 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии | |
| 67430 | 100 mg |
по запросу
|
в наличии |
BDP 650/665 алкин
BDP 650/665 - яркий бордипиррометеновый красный краситель. Терминальную этинильную группу BDP 650/665 алкина можно конъюгировать с различными азидами с помощью медь-катализируемой клик-реакции.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| A84B0 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| B84B0 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| C84B0 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| D84B0 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| E84B0 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии | |
| F84B0 | 100 mg |
$1190.00
|
5 д |
BDP R6G алкин
Производное красителя BDP R6G - терминальный алкин для Click chemistry. BDP R6G - бордипиррометеновый краситель, спектры поглощения и эмиссии которого соответствуют R6G (родамину 6G).
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| A44B0 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| B44B0 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| C44B0 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| D44B0 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| E44B0 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии | |
| F44B0 | 100 mg |
$1190.00
|
в наличии |
BDP TMR азид
Бордипиррометеновый краситель с азидогруппой. Спектральные свойства похожи на краситель TAMRA. Благодаря длительному времени жизни возбужденного состояния этот краситель хорошо подходит для измерений поляризации флуоресценции.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 12430 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| 22430 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| 32430 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| 42430 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| 52430 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии | |
| 62430 | 100 mg |
$1190.00
|
в наличии |
Cyanine3.5 азид
Азидопроизводное красителя Cyanine3.5, аналога Cy3.5, для мечения с помощью реакции Click Chemistry.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 12030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | $110.00 | в наличии | |
| 32030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $210.00 | в наличии | |
| 42030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$410.00
|
в наличии | |
| A2030 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| B2030 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| C2030 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| D2030 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| E2030 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии | |
| F2030 | 100 mg |
$1190.00
|
в наличии |
Cyanine3 азид
Азидопроизводное флуоресцентного красителя Cyanine3, аналога Cy3, для конъюгации с помощью клик-реакций.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 11030 | 100 uL, 10 mM/DMSO | $110.00 | в наличии | |
| 31030 | 500 uL, 10 mM/DMSO | $210.00 | в наличии | |
| 41030 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$410.00
|
в наличии | |
| A1030 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| B1030 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| C1030 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| D1030 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| E1030 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии | |
| F1030 | 100 mg |
$1190.00
|
в наличии |
R110 азид, 5-изомер
Фотостабильный и яркий краситель для канала FAM в виде азидопроизводного для Click Chemistry, чистый 5-изомер.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| Фасовок данного продукта нет в наличии, но на данный продукт можно отправить запрос . | ||||
R110 азид, 6-изомер
Чистый изомер азидопроизводного R110 (родамина 110) - яркого и фотостабильного красителя для канала FAM.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| 15230 | 100 uL, 10 mM/DMSO | $160.00 | в наличии | |
| 35230 | 500 uL, 10 mM/DMSO |
$420.00
|
в наличии | |
| 45230 | 1 mL, 10 mM/DMSO |
$595.00
|
в наличии | |
| A5230 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| D5230 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| E5230 | 50 mg |
$695.00
|
5 д | |
| F5230 | 100 mg |
по запросу
|
10 д |
sulfo-Cyanine7.5 азид
Sulfo-Cyanine7.5 - очень гидрофильный и водорастворимый краситель для ближней ИК-области. Спектры поглощения и эмиссии красителя напоминают спектры индоцианинового зеленого (ICG, Cardio Green), но sulfo-Cyanine7.5 обладает гораздо более высоким квантовым выходом флуоресценции. Этот краситель отлично подходит для имэджинга in vivo. Это производное - азид для Click chemistry.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| A6330 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| B6330 | 5 mg | $290.00 | в наличии | |
| C6330 | 10 mg |
$470.00
|
в наличии | |
| D6330 | 25 mg |
$690.00
|
в наличии | |
| E6330 | 50 mg |
$1270.00
|
в наличии | |
| F6330 | 100 mg |
$1990.00
|
в наличии |
Пирен азид 1
Азидопроизводное полициклического ароматического углеводорода пирена, обладающего флуоресценцией и способностью к образованию эксимеров.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| A1530 | 1 mg | $110.00 | в наличии | |
| B1530 | 5 mg | $210.00 | в наличии | |
| C1530 | 10 mg | $310.00 | в наличии | |
| D1530 | 25 mg |
$410.00
|
в наличии | |
| E1530 | 50 mg |
$695.00
|
в наличии |
Пирен азид 3
Азидопроизводное пирена с длинным линкером для клик-химии Pyrene azide with even longer linker for Click Chemistry.
Показать цены
| Артикул | Фасовка | Цена | Срок поставки | Купить товар |
|---|---|---|---|---|
| Фасовок данного продукта нет в наличии, но на данный продукт можно отправить запрос . | ||||
Введено некорректное число товаров для добавления.
Корзина пуста
$ 
