Технология мечения олигонуклеотидов на основе клик-химии
На сегодняшний момент меченые и дважды меченые олигонуклеотидные зонды производятся, главным образом, с использованием меченых красителем амидитов, либо с помощью активированных эфиров. Однако, оба эти метода имеют свои ограничения.
Для компаний и подразделений, занимающихся синтезом олигонуклеотидов на заказ, мы предлагаем использовать мечение олигонуклеотидов с помощью клик-химии.
Как и в случае с NHS активированными эфирами, клик-химическое мечение представляет собой двухэтапный протокол. Сначала в олигонуклеотид вводят алкиновый фрагмент с использованием алкин-амидита. На втором этапе, деблокированный олигонуклеотид метят азидным красителем в соответствующих условиях. После этого меченные олигонуклеотиды осаждают ацетоном и очищают (наиболее подходящим методом является ВЭЖХ).
По сравнению с мечением на основе амидита, методом клик-химии получаются более чистые зонды с более высоким выходом, что экономит усилия по очистке конечного продукта. Чувствительный и дорогой краситель при этом не подвергается воздействию реакционных деблокирующих реагентов и, соответственно, не будет потрачен впустую. Также при таком способе мечения нет необходимости использовать сверхмягкие защитные группы.
По сравнению с методом мечения активированным эфиром, клик-химия более масштабируема и требует меньшего количества красителя. Зонды очищаются легче. Избыток красителя (примерно на 0,2-0,5 экв. выше необходимого количества) практически полностью удаляется при осаждении ацетоном. Это выгодно отличает метод клик-химии от мечения активированным эфиром, при котором иногда требуется многократное осаждение для удаления избыточного красителя. Клик-химия позволяет эффективно метить сотни единиц олигонуклеотидов OD260 в одной центрифужной пробирке.
Экономическая эффективность клик-химического метода мечения сравнима с мечением амидитом и NHS эфирами.
Амидит красителя | NHS эфир | Клик-химия | |
---|---|---|---|
Чувствительный краситель подвергается действию деблокирующих условий |
да | нет | нет |
Масштабируемость | хорошая | ограниченая | превосходная |
Чистота сырого меченного продукта | 30-90% | 60-95% | 95%+ |
Избыток красителя для мечения | 10 экв. | 10 экв. | 1,2-1,5 экв. |
Полнота мечения | 98%+ | 60-100% | 99-100% |
Свойства | - простой протокол - низкий выход олиго - сложная очистка - низкая стабильность амидитов |
- высокая чистота - большой избыток красителя - неполное мечение |
- высокая чистота - небольшой избыток красителя - высокая эффективность - конкурентная цена |
Мы предоставляем все необходимые реагенты для мечения олигонуклеотидов: амидиты алкинов (5'-концевые и Dmt-защищенные для 3'-мечения на универсальных CPG), алкин-CPG, азиды красителей и катализаторы для клик-химии. Используйте наш рекомендуемый протокол мечения олигонуклеотидов для получения оптимальных результатов!